動物の場合

動物の生殖器では、通常は両性の配偶子を形成する生殖腺と、そこから生殖細胞を体外へ導く管が1そろい、通常1個体に１対ある。雄性のものは精巣と輸精管、雌性のものは卵巣と輸卵管と呼ぶ。動物の生殖巣は、一般に体の内部にできる。体腔がある場合には、体腔内に生じる。生殖細胞が体外に出るには、体が裂けてそれらを放出するのでなければ、多くの場合、特に管が必要になる。生殖細胞の出口を生殖孔という。脊索動物においては、このために排出系が流用されている。病院で泌尿生殖器系とまとめるのはこのためである。

体節制の発達した動物では、体節ごとに生殖器を有する例もある。特に環形動物ではその例が多い。体外受精の動物では、卵も精子も体外へ放出するだけなので、これだけあれば一応は成立する。体内受精の場合、雌は雄の精子を体内に取り込むので、生殖孔は卵の出口であるとともに、精子の取り込み口として機能することが多い。取り込んだ精子を蓄え、受精させるための構造、たとえば貯精嚢のようなものも必要となる。

雄の側は、体内受精であっても精包を届けるような方法を採るものでは、特に複雑な構造を要しない。精子を雌の体内に直接送り込む方法を採るものでは、そのための構造が必要となる。一般には精子を雌の体内に注入するために、雄の生殖孔に中空の突起を備え、これを雌の体内に差し込んで精子を送り込む方法が採られる。このような突起を陰茎（ペニス）という。また、この場合、雌の生殖孔もこれに対応せねばならない。陰茎を挿入するための雌の生殖孔を膣という。

雌の側が、体内で卵を一定期間保育するものでは、輸卵管などにそのための空間が必要になる。特に、胎生のものでは、胎児を保育する部分が発達する。これを子宮という。このように、真の交尾をおこなう動物においては、体内の生殖器官の他に、外部に種に特有な構造が雌雄ともに発達する。そこで、体内の生殖器官を内性器、体外の部分を外性器ということもある。なお、生殖腺とつながらない生殖器を持つ動物もある。特殊なものではあるが、たとえばクモ類とトンボは生殖孔から離れて、クモでは触肢に、トンボでは腹部前端に貯精のうがある。